Identifying protein complexes in high-throughput protein interaction screens using an infinite latent feature model.

in Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing (2006)

We propose a Bayesian approach to identify protein complexes and their constituents from high-throughput protein-protein interaction screens. An infinite latent feature model that allows for multi-complex ... [more ▼]

We propose a Bayesian approach to identify protein complexes and their constituents from high-throughput protein-protein interaction screens. An infinite latent feature model that allows for multi-complex membership by individual proteins is coupled with a graph diffusion kernel that evaluates the likelihood of two proteins belonging to the same complex. Gibbs sampling is then used to infer a catalog of protein complexes from the interaction screen data. An advantage of this model is that it places no prior constraints on the number of complexes and automatically infers the number of significant complexes from the data. Validation results using affinity purification/mass spectrometry experimental data from yeast RNA-processing complexes indicate that our method is capable of partitioning the data in a biologically meaningful way. A supplementary web site containing larger versions of the figures is available at http://public.kgi.edu/wild/PSBO6/index.html. [less ▲]

Identifying representative users in matrix factorization-based recommender systems: application to solving the content-less new item cold-start problem

in Journal of Intelligent Information Systems (2016)

Identifying strategies in arithmetic with the operand recognition paradigm: A matter of switch cost?

in Journal of Experimental Psychology. Learning, Memory and Cognition (2015), 41(2), 541-552

Determining adults’ and children’s strategies in mental arithmetic constitutes a central issue in the domain of numerical cognition. However, despite the considerable amount of research on this topic, the ... [more ▼]

Determining adults’ and children’s strategies in mental arithmetic constitutes a central issue in the domain of numerical cognition. However, despite the considerable amount of research on this topic, the conclusions in the literature are not always coherent. Therefore, there is a need to carry on the investigation, and this is the reason why we developed the operand recognition paradigm (ORP). It capitalizes on the fact that, contrary to retrieval, calculation procedures degrade the memory traces of the operands involved in a problem. As a consequence, the use of calculation procedures is inferred from relatively long recognition times of the operands. However, it has been suggested that recognition times within the ORP do not reflect strategies but the difficulty of switching from a difficult task (calculation) to a simpler one (recognition). In order to examine this possibility, in a series of 3 experiments we equalized switch-cost variations in all conditions through the introduction of intermediate tasks between problem solving and recognition. Despite this neutralization, we still obtained the classical effects of the ORP, namely longer recognition times after addition than after comparison. We conclude that the largest part of the ORP effects is related to different strategy use and not to difficulty-related switch costs. The possible applications and promising outcomes of the ORP in and outside the field of numerical cognition are discussed. [less ▲]

Identifying the Benefits from Home Ownership:A Swedish Experiment

Scientific Conference (2016, December)

Identifying the Benefits from Home Ownership:A Swedish Experiment

Scientific Conference (2017)

Identifying the Major Causes Associated to Rail Intermodal Operation Disruptions Using Causal Machine Learning

in Transportation Research Board 101st Annual Meeting (2022)

Identifying the rail operating features associated to intermodal freight rail operation delays

in Transportation Research. Part C, Emerging Technologies (2023), 147

Identifying Unintended Harms of Cybersecurity Measures

in Proceedings of ECRIME 2019 (2020, February 01)

Identität im Spannungsfeld der Migrationsbewegung

Scientific Conference (2020, September 21)

Die Rahmenbedingungen bei der Migration von deutschen Staatsangehöriger können – v. a. im Vergleich zu den meisten Migrantengruppen, die in der Forschung betrachtet werden – als privilegiert und günstig ... [more ▼]

Die Rahmenbedingungen bei der Migration von deutschen Staatsangehöriger können – v. a. im Vergleich zu den meisten Migrantengruppen, die in der Forschung betrachtet werden – als privilegiert und günstig beschrieben werden. Die deutsche Staatsangehörigkeit garantiert zum Beispiel einen leichten Zugang zu den meisten Ländern der Welt (Visa-Germany 2020). Zudem ist die Entscheidung zur Ausreise meist freiwillig, auf Basis ganz unterschiedlicher Beweggründe getroffen und die Möglichkeit zur Rückreise zumeist auch gegeben. Selbst wenn „Deutsch sein“ für die Auswanderer kein identitätsbestimmendes Merkmal war, werden sie im Ausland über die Kategorie „Deutsch“ wahrgenommen. Auf der einen Seite wird also über diese kategoriale Zuschreibung von außen eine Auseinandersetzung mit eignen Herkunftsland angeregt, auf der anderen Seite werden auch erst in der Kulturkontakterfahrung, wenn Selbstverständlichkeiten im alltäglichen Leben nicht mehr greifen, eigene Vorstellungen, Erwartungen und Werte bewusst und können reflektiert werden. Es gibt interindividuelle Unterschiede in Bezug auf die Bereitschaft sich mit solchen Unterschieden auseinanderzusetzen, einen Perspektivenwechsel einzunehmen und den eigenen Standpunkt zu hinterfragen (Tadmor und Tetlock, 2006). Die Bewertung dieser Erfahrung als bereichernd oder belastend ist ebenfalls sehr unterschiedlich. Die Frage der Konsequenzen der Mobilitätserfahrung für die eigene Identität und das Gefühl der Zugehörigkeit zu Deutschland bzw. dem Gastland lässt sich mit Hilfe der „German Emigration and Remigration Panel Study“ (GERPS) empirisch untersuchen. Die Determinanten dieses Zugehörigkeitsgefühls sowohl zum Gastland als auch zum Heimatland sollen im Verlaufe der Mobilitätserfahrung näher beleuchtet werden. Erste Resultate der Auswertung der ersten Welle zeigen, dass etwa die Hälfte der Auswanderer sich mit ihrem Auswanderungsland verbunden fühlen, wobei die Bleibeperspektive ein wichtiger Prädiktor ist. Ebenso wie der Migrationsprozess selbst, wird auch die Identitätsbildung als lebenslanger, dynamischer, unabgeschlossener und mehrdimensionaler Prozess verstanden. Aufbauend auf dieser Annahme und dem Akkulturationsrahmenmodell von Arends-Tóth und van de Vijver (2006) wird ein theoretisches Modell vorgestellt, mit Hilfe dessen Identität im Spannungsfeld der Migration untersucht werden kann. [less ▲]

Identität und Arbeitsmarkt: Zur Ambivalenz des Grenzgängerdiskurses

in Forum für Politik, Gesellschaft und Kultur in Luxemburg (2007), (271), 48-50

Bereits seit Beginn der 80er Jahre übersteigt die Arbeitskräftenachfrage in Luxemburg das lokale Arbeitskräfteangebot und die Unternehmen greifen auf Grenzpendler aus den Nachbarregionen zurück. Im Juni ... [more ▼]

Bereits seit Beginn der 80er Jahre übersteigt die Arbeitskräftenachfrage in Luxemburg das lokale Arbeitskräfteangebot und die Unternehmen greifen auf Grenzpendler aus den Nachbarregionen zurück. Im Juni dieses Jahres wurden knapp 133.400 Grenzgänger gezählt, von denen über die Hälfte aus Frankreich kommt (51%), gefolgt von Belgien (26%) und Deutschland (23%). Sie stellen gut 42,5% der im Großherzogtum beschäftigten Arbeitnehmer – im Jahr 1980 lag ihr Anteil noch bei 9%. Während die wachsenden Einpendlerzahlen die Arbeitsmärkte der Nachbarregionen entlasten und die konjunkturelle Entwicklung im Großherzogtum vorantreiben, macht sich in Luxemburg mancherorts Unmut breit. [less ▲]